大家好像对我留学生活的轶事比较感兴趣，不过我还是要来讲一讲我的学业情况，至于还有一些生活的轶事，以后再说。
学业分两方面，上课和进实验室做实验。说到上课，我看到有人问，你刚去美国留学能够听得懂讲课吗？
的确刚到美国有几个月的适应期，听力会有问题。但是这主要是日常生活的口语对话，因为以前不像现在，没有这么多英语音频、视频，很多口语表述没有接触过，理解起来会有问题，而且日常生活中讲话一般比较快，需要适应。但是对于上课我倒不觉得有听力的问题。因为上的是专业课，术语都是已经熟悉的，老师讲课一般语速会慢一些、表述会正式一些，而且会有幻灯、板书，能够帮助理解。
我们要上一年的必修课，一年的选修课，第三年还可以自己再选一些课上。对我来说都没问题，第一年的必修课也都拿了高分了。所以上课没有什么可谈的，有一件事可以提一下。上蛋白质的结构这门必修课要求必须上过物理化学。一般生物系的学生都没有学过物理化学，就要跟本科生一起先上物理化学，再上蛋白质结构。但是，中国科大比较特殊，生物系学生都上过了物理化学，我就不用去补上物理化学了。这算是当年在中国科大上了那么多基础课的直接好处。
读研究生最主要的不是上课，而是进实验室做实验，做论文。我们系要求在选定实验室之前需要先去三个实验室轮转，每一个实验室两个半月，之后再决定要去哪一个实验室跟哪一个导师做论文。本来应该从秋季开始轮转，然后冬季、春季，到夏天定下来要去哪一个实验室。但是我是冬季入学的，就只有两次轮转的机会了。
如果是正常的秋季入学的话，并不是一去就要选哪一个实验室，一开始有新生培训，还有各个教授来介绍自己的工作，你可以去跟他们交流，之后决定要去哪一个实验室。我就没这个机会了，马上就需要定下来要去哪一个实验室轮转。
1月2日报完了名，第二天我就去找我们系那一年录取委员会主席（每年都会换的），感谢他允许我冬季入学，同时也问一下他做的是什么样的研究。他向我介绍了一下，我觉得还有点意思，就决定在他的实验室做第一个轮转。虽然他的课题有些意思，但是我觉得不够前沿，要解决的问题不够大，是研究凝集素，一种能够跟碳水化合物结合的蛋白质。我想要解决的是更基本的问题，要做比较前沿的研究。做这类研究的都是那些比较年轻的助理教授，只有这样他们才会被招进来。至于那些已经当到教授的研究的问题可能就没那么热门了。
做第二个轮转之前，我已经有两个半月的准备时间了，可以到各个实验室去了解一下他们是干什么的。
春季做第二个轮转，我就找了后来成为我的导师的扎克。他是UCLA毕业的，去威斯康星大学做第一个博士后，又到多伦多大学做第二个博士后。在多伦多大学，他有一个重大的发现，发现了一种新的普遍转录因子TFIIF。
转录就是将遗传信息从DNA转到RNA，以DNA作为模板来合成RNA。对于原核生物也就是细菌来说，这个过程很简单，早就研究得比较透彻了。但是真核生物的转录过程非常复杂，其中涉及到很多蛋白质，叫做转录因子。如果是所有的真核生物的所有转录过程都会涉及到的非常基本的转录因子就叫普遍转录因子。这个转录的过程究竟是怎么样的，有多少因子参与其中，在当时都还没搞清楚，是一个非常热门的研究领域。
我的导师扎克做完博士后到我们系当助理教授，继续研究他发现的 TFIIF。他发现的这个普遍转录因子有两个亚单位，一个大的叫RAP74，一个小的叫RAP30，实际上是两个蛋白质结合在一起的。那个小的亚单位基因已经被克隆出来了。大的亚单位基因还没有克隆出来，他到我们系当助理教授后，第一步就是要把这个基因克隆出来。我去他实验室的时候，这个基因已经克隆出来了，接下去就是要赶快把基因序列测出来。
现在测基因序列很简单，全都是自动化的。当时要人工测序，很麻烦，速度也很慢。我第一项工作就是帮助测序。第二个轮转之后，我就决定留在这个实验室。后面有几个月的时间，也是赶快将这个项目做完。
当时克隆出了一个非常重要的蛋白质，就可以发表一篇非常好的论文。TFIIF大亚单位RAP74基因克隆是在《自然》杂志上发的论文。我参与做了测序的工作，导师把我的名字也加上，作为一个共同作者，虽然是最不重要的作者。
这项工作结束了之后，我就要有自己的课题，要开题。做自己的课题的时候出现了一些波折。导师给我定的课题是将RAP74的基因从果蝇克隆出来。它已经从人克隆出来了，如果能够在别的生物里也找到这个基因，那么可以比较哪一些地方是相似的，哪一些地方是不同的，就可以推测它们的结构。而且如果在果蝇中也找到了基因，可以跟做果蝇课题的实验室合作做遗传学的研究。你没法拿人来做遗传学的实验，但是可以拿果蝇来做遗传学的实验。果蝇是做遗传学实验的一个最好的模型动物。
既然已经知道了人的基因的序列，就可以根据这个序列来设计引物，去做扩增，就是在新冠疫情期间大家非常熟悉的PCR，当时说测核酸，其实就是用PCR。要设计引物，第一步就要要确定这么长的基因哪一段会是比较重要的。如果很重要的话，那么在果蝇里应该也会是类似的，不会有啥变化，术语叫
“高度保守”。但是在找这段重要的基因序列时，存在一个问题，只有人的基因，你怎么知道哪一段是重要的？当时推测RAP74有什么功能，有一段序列比较特殊，可能是有这个功能的，所以这段序列应该是比较重要的，就根据这个来设计引物。
但是做了几个月，一直做不出来。首先，老是有污染，测出来全都是人的基因，因为我们实验室到处都是这个人类基因。PCR非常敏感，只要有一个分子，就可以大量扩增出来。所以一开始要解决污染的问题，等到想办法解决了，从果蝇DNA扩增出来的那些序列，测序的结果都是杂乱无章的，明显不是这个基因的。可能意味着我们设计的这个引物是有问题的，我们认为高度保守的那个区域可能不是。换了多种引物设计，还是这样。
有可能那个果蝇的基因跟人的基因其实相似性比较差，按这种办法是做不出来。我换了一个方法，用最经典的基因探针的做法，直接拿人的这个基因片段去跟果蝇的DNA杂交，看能不能把果蝇的相似基因钓出来，还是做不出来。
我就找了导师，说可能基因同源性很差，这个项目可能做不出来，应该换课题。一开始导师不太高兴，有一句话我记得很清楚，他说，“你应该做出跟你的智力相符的实验结果出来”，意思是说你这个人够聪明，但是为什么做实验就是做不出来结果？
当时面临着一个很大的问题，中间要过资格考试，才能决定是不是能够继续读博士。如果这个资格考试过不了，就会让你拿硕士学位走人。我们实验室比我高一级的那个美国学生就没能过这个资格考试，就拿了硕士走了。
资格考试本来应该是在第三个学年刚刚开始的时候就通过了。所谓的资格考试不是笔试，要向全系介绍你已经做完的实验工作，以及下一步要做什么，之后有一个委员会要对你进行答辩。我什么实验结果都没得到，就没办法在九二年秋季刚开始的九月、十月去举行资格考试了。
所以一方面要求推迟到明年年初再过资格考试，这我有理由，因为我是冬季入学的，可以推迟到九三年年初。另一方面要赶快换课题，而且这个课题必须要保证肯定会有结果，虽然会有什么样结果不知道，但是会有数据。什么样的课题肯定会有结果？做突变，特别是做删除的突变，把一个基因一段一段删掉，看保留下来的基因片段有什么样的功能。大亚单位
RAP74的删除突变我的师姐在做，所以我只能做小亚单位RAP30的删除突变。
一旦换了课题，做起来就很简单，几个月时间就做出删除突变和初步测定了功能，1993年初通过了资格考试。
到1993年2月，东京大学的一个实验室将RAP74基因从果蝇终于克隆出来了，用的是别的方法。这一比较就发现，的确果蝇的这个基因跟人的基因没那么相似，相似性还不到50%，也就是说没那么保守。而且我们认为重要的那些区域其实不重要，在果蝇里居然就没有（后来知道当时对RAP74的功能有错误认识）。所以用我们的方法是没法把这个基因从果蝇克隆出来的，我改变了课题就是做出了一个很英明的决定，不然的话可能就过不了资格考试。
后边的工作就很顺利了。做出了突变，研究它的各种各样的功能，然后推测这个蛋白质的结构是怎么样的，这一部分啥功能，那一部分啥功能，设计一些实验进行测试。
到第五年也就是1995年年初，该做的实验已经全部都做完了，导师就跟我说你今年可以毕业了。毕业典礼是在五月份举行的，我还没有答辩，先去参加毕业典礼。我们那一年的毕业典礼克林顿总统来发表演讲。我就去参加了，但是实际上还没有毕业，还要完成论文。最后一年主要就是在写论文。还要去参加学术会议，参加了两次学术会议，去跟其他学校的同行交流，也是想要知道毕业后下一步要做什么。
毕业之后需要去做博士后，一般要做两个博士后。我当时的想法，第一个博士后先在周围做，第二个博士后再到加州来，就不再离开了。第一个博士后在东部那一块找，分别联系了宾州州立大学、康奈尔大学、罗切斯特大学的实验室，去面试，他们都要我，最后我决定去罗切斯特大学做第一个博士后。
博士论文写好了之后要答辩，还要将博士论文写成一篇论文发表，这是系里的要求，要毕业必须有论文在一定档次的期刊发表。不过不一定在毕业之前就必须发表。实际上我那篇论文是到第二年，1996年，我已经离开学校了才发表的。我查了一下，那篇论文现在被引用了96次，最新的一次引用还是今年的。
关于我留学生活的其他情况以及我做博士后的情况，以后再说。
2025.10.11.录制
2025.10.26.整理