我们前面谈到，转基因食品在上市前都做过了严格的检测，是相当安全的。但是人们除了担心吃转基因食品会对身体健康有害之外，还担心种植转基因作物会破坏生态环境。我们接下来就来看看转基因作物对生态环境可能会产生什么样的影响，值不值得担心。
抗虫害转基因作物会分泌所谓的毒性蛋白，它们除了毒死特定的害虫，有没有可能也毒死其他的生物呢？我们给作物转入抗虫害基因是为了抗害虫，例如培育抗虫害转基因玉米是为了保护玉米不让害虫吃，但是如果这种玉米的花粉飘落到周围的杂草上，那些不算害虫的昆虫，比如说某一种珍贵蝴蝶的幼虫，它们在吃杂草的时候把玉米花粉也吃进去，会不会把它们给毒死了？如果会的话，转基因玉米的花粉就可能会对生态环境造成一定的破坏。在1999年，美国有一项研究说，杂草上的抗虫转基因玉米花粉会毒死蝴蝶的幼虫，这个研究结果到现在还被那些反对转基因的人士一再引用。其实后来更多、更精确的研究发现，前面的这项研究结果是不成立的，发布那个结果的科学家后来也改变了看法。
人们还担心种植了转基因作物以后，转基因作物的花粉与周围的其他植物，特别是作物的野生种进行杂交，造成基因污染。例如担心转基因水稻的基因会“污染”了野生的水稻，所以在有野生水稻的地区就不计划种转基因水稻了。这其实并非转基因作物特有的问题，种植传统的作物同样有可能造成“基因污染”。例如杂交水稻的基因也可能会“污染”了野生水稻，但是人们并没有因此就不在有野生水稻的地区种杂交水稻了。和传统作物相比，转基因水稻不过是在原有的几万个基因当中增添了一个额外的基因而已，并没有造成实质性的差别，为什么对这么一个基因就那么担心呢？
有一种反对转基因作物的意见是，用转基因技术抗虫害只能有暂时的效果，从长远来看会适得其反，因为在自然选择的作用下，害虫会逐渐产生对毒性蛋白的抵抗能力，出现所谓“超级害虫”。这的确是一个值得认真对待的问题。因此在种植抗虫害转基因作物的田地周围，规定必须保留一块专门种植普通的作物，让害虫在那里大吃特吃，有一个所谓的避难所。这样，有抗药性的超级害虫就不容易进化出来。其实“超级害虫”只是一种很不准确的比喻说法，只是说它能够抗某种特定的毒素，并不是说它是一种能够抵抗所有毒素、所有农药，更不是说它是生命力特别强、危害特别大的超级怪物。所以，即使出现了“超级害虫”，那也不过意味着本来要用来抵抗它的那种转基因作物失效了，并不是什么大灾难，我们可以另外再转入别的基因去消灭它。就像使用抗生素也会出现抗药性的细菌，我们要做的是，一方面尽量避免让细菌产生抗药性，一方面研发新的抗生素，而不是因此不敢使用抗生素。同样的道理，我们也不能因为担心害虫出现抗药性而不敢种植抗虫害转基因作物。更何况抗虫害的转基因作物已经被种植了快20年了，到目前并没有出现所谓的“超级害虫”。
总之，转基因作物对环境的可能影响被夸大了，另外一方面，转基因作物对保护环境的好处又经常被忽略。当前种植得最多的转基因作物主要是两类：抗虫害的和抗除草剂的。农民选择种植这两类转基因作物的原因是因为它们降低了生产成本，其实还有一个潜在的好处是有助于环境保护。抗虫害转基因作物由于天生就能抵抗主要害虫的入侵，种植它们大幅度地减少了农药的使用，减轻了农药对环境的污染和农药对生态的破坏，而且还减少了用于生产、运输、喷洒农药耗费的原料、能源和排出的废料。抗除草剂的转基因作物能够抵抗草甘膦，这样农民就可以用这种广谱、低毒的除草剂来除杂草，而不必像种植传统作物那样使用更有针对性、但是毒性也更大的除草剂。有人也许会问，如果什么除草剂都不用，那不是更环保吗？但是如果不用除草剂的话，就要靠人工或者机器来除草，那样不仅费时费力，还耗费燃料，引起水土流失，反而破坏环境。
已经研发成功、但是还没有开始商业化种植的转基因作物品种当中，有的也对环境保护大有好处。例如中国自己研发的植酸酶转基因玉米。这种玉米主要是要作为牲畜的饲料使用的。玉米中含有大量的磷元素，但是这些磷存在于植酸当中，大部分没法被牲畜吸收、利用。因此牲畜用玉米做饲料容易患一种病叫缺磷症——体内缺乏磷这种必须的营养素，因此往往要在饲料当中添加无机磷，这样做不仅增加了成本，而且玉米当中的植酸多数不被消化，随着粪便排出去，冲入河流、海洋，对环境就会造成磷污染，结果就是让水体富营养化。植酸酶转基因玉米含有大量的植酸酶，能够把植酸分解掉，把里面的磷释放出来，这样牲畜就可以吸收、利用玉米当中的磷，既降低了饲料成本，又减少了磷污染。
转基因作物对环境保护的好处是实实在在的，而它们对环境可能造成的负面的影响从来没有发生过，即使发生了也不可怕。某些所谓的“环保组织”，却把转基因作物当成恶魔，竭力阻挠它的研发和推广，这不是很讽刺吗？所以对这样的“环保组织”，我们可以把它叫做“伪环保”。
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